हर्बल दवाओं का वैज्ञानिक रूप से उपयोग करने के दो तरीके हैं। एक तरीका है इन्हें प्राकृतिक औषधालय के रूप में इस्तेमाल करना। हर पौधे में असंख्य रसायन होते हैं जो शरीर में अनेक तरह से काम करते हैं। चूंकि ये पौधे बहुत लंबे समय से मौजूद हैं, इसलिए हम जानते हैं कि कैसे इन सभी छोटे-छोटे प्रभावों का संयोजन एक ऐसे लाभ में परिणत होता है जो शायद हमें किसी अन्य दवा से न मिल सके। दूसरा तरीका है इन्हें ज्ञात प्रभावों वाले एकल रसायनों के स्रोत के रूप में उपयोग करना और हर्बल दवा को उस रसायन की एक निश्चित मात्रा प्रदान करने के लिए मानकीकृत करना। उदाहरण के लिए, सेंट जॉन वॉर्ट (अवसाद पर प्रभाव डालने के लिए आपको प्रतिदिन 900 मिलीग्राम हाइपरिसिन प्राप्त करने के लिए पर्याप्त सेंट जॉन वॉर्ट की आवश्यकता होती है) और ग्रीन टी कैटेचिन (वजन घटाने पर प्रभाव डालने के लिए आपको ग्रीन टी के इन रसायनों की एक निश्चित खुराक की आवश्यकता होती है) को मानकीकृत करने के पीछे यही विचार है। सामान्य तौर पर, हर्बल दवाएं केवल वे दवाएं हैं जो प्राकृतिक और सौम्य होती हैं, जब उनके काम करने के तरीके के ज्ञान के साथ इनका उपयोग किया जाता है। आप हर्बल दवाओं को ऐसी दवाओं के रूप में उपयोग कर सकते हैं जो संयोगवश हर्बल हैं। लोक चिकित्सा में जड़ी-बूटियों के उपयोग को अक्सर जादुई रूप में व्यक्त किया जाता है, वहीं पारंपरिक चीनी चिकित्सा में जड़ी-बूटियों के उपयोग को प्रतीकात्मक रूप में व्यक्त किया जाता है (जापानी, कोरियाई, आयुर्वेद, यूनानी आदि में भी यही बात लागू होती है), और ये प्रणालियाँ ज़रूरी नहीं कि बुरी हों। बस ये "वैज्ञानिक" नहीं हैं।
